鼻咽拭子和口咽拭子除了采样部位的区别，在材料的硬度上也不一样。鼻咽拭子一般比较细长软，能够顺着鼻腔改变形状，方便采样人员顺着鼻腔探入上呼吸道中。而口咽拭子则会比较粗、硬。在舒适度上，两者也有十分大的区别。由于鼻腔经常会有气体的交换，所以在采样时，要将拭子完全伸入到鼻腔的尽头，以确保采集到足够浓度的样本，这往往会对被采人员造成十分不适的感觉，有时甚至会造成鼻腔出血。而口咽拭子只需采集到咽部的样本，只需要被采者张口就可进行采集，虽偶尔会造成短暂作呕的感觉，但不适感不会持续过久。
咽拭子是一种了解患者病情、口腔黏膜和咽部是否有病毒情况的重要检测手段。咽部在机体全身或局部抵抗力下降和其他外部因素下可出现等而导致疾病。咽拭子从咽部和扁桃体取分泌物作细菌培养或病毒分离，从而了解患者患病情况。咽拭子采样流程：1、室温下嘱患者张口，充分暴露咽喉部，在其悬雍垂、咽腭弓或扁桃体部用棉签捻转轻压，尽量沾取多的分泌液。2、棉签在采集完标本后应立即接种，无法立即接种的，应放于咽拭管中，尽快传递接种培养。
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